Nur in den größeren Städten kann man von einer ausreichenden Gesundheitsversorgung sprechen. Vor Antritt der Reise sollten sich Touristen gegen Malaria und Hepatitis A impfen lassen. Allerdings besteht kein Impfzwang. Das Tropeninstitut informiert über die aktuelle Lage in Guatemala und ob es empfehlenswert ist, sich gegen andere Krankheiten wie etwa Cholera zu schützen.
Leitungswasser sollte im ganzen Land nicht getrunken werden. Es eignet sich lediglich zum Baden und Duschen. Für den Verzehr und für das Zähneputzen sollte in Flaschen abgefülltes Wasser verwendet werden. Auch abgekochtes Wasser eignet sich.